Misiunea OIM în Republica Moldova a fost deschisă în 2001. Moldova a devenit stat membru al organizației în 2003.

Fiind cea mai importantă organizație internațională în domeniul migrației, conform acordurilor reciproce între OIM și Guvernul Republicii Moldova, Misiunea OIM Moldova acționează, împreună cu partenerii săi din comunitatea internațională, în principal, în următoarele patru domenii:

  • Migrație și dezvoltare
  • Prevenire și protecție (combaterea traficului de persoane)
  • Managementul migrației
  • Migrația facilitată 

În prezent, OIM Moldova, în cadrul răspunsului la criza ucraineană, oferă sprijin umanitar pentru a răspunde nevoilor refugiaților ucraineni, resortisanților țărilor terțe, comunităților gazdă, prin asistență directă și alte tipuri de sprijin acordat autorităților moldovenești, organizațiilor societății civile locale și sectorului privat.
OIM Moldova este, de asemenea, responsabilă pentru furnizarea sprijinului administrativ și logistic Misiunii Uniunii Europene de Asistență la Frontieră în Moldova și Ucraina (EUBAM)  și pentru punerea în aplicare a Programului de admitere a refugiaților din Statele Unite (USRAP).